Σκοπός των προγραμμάτων Αγωγής Υγείας είναι η προάσπιση, η βελτίωση, και η προαγωγή της σωματικής, ψυχικής και κοινωνικής ευεξίας των μαθητών/τριών, αφενός μεν με την ενδυνάμωση της προσωπικότητάς τους, αφετέρου δε με την αναβάθμιση του κοινωνικού και φυσικού περιβάλλοντός τους.

Η Αγωγή Υγείας αποτελεί την ενδεδειγμένη προληπτική προσέγγιση στο χώρο της εκπαίδευσης στην αντιμετώπιση προβλημάτων που αφορούν στις διαπροσωπικές σχέσεις, στην αντικοινωνική συμπεριφορά, στην παραβατικότητα, στο κάπνισμα, στο αλκοόλ, στα ναρκωτικά, στα σεξουαλικά μεταδιδόμενα νοσήματα, στην παχυσαρκία, στην οδική ασφάλεια καθώς και στο ρατσισμό.